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小产权房作为一种物权，也具有占有，使用，收益和处分的权利，既然是有处分的性质，在不违反法律强制性规定的前提下就可以买卖，转让。在深圳有很多都是1992年前在政府正规报建过的手续然后建设的小产权房，很多都是通过合作建房的形式，一方出钱一方出地建设后再去分割的，这种是政府认可的一种处理方式（后期出现政府拆迁认可这种产权分割形式）。
如果说原业主是绿本的，情况会比较麻烦，正规绿本是占去购房名额的，会有国土局的备案编号，和商品房房产证同样性质，会注明无法转让和买卖，但是类似于你这样签订协议多年后反悔的情况，深圳有先例，法院有正式判决，你可以做个参考
判决书名称：黄某与吴某确认合同无效纠纷二审民事判决书
审理法院： 广东省深圳市中级人民法院
案 号： (2016)粤03民终22009号
裁判日期： 2017.04.26
案 由： 确认合同无效纠纷
案情概述：
黄某与吴某签订《转让房屋合同书》，将其持有的一套房屋转让给吴某，该房产为小产权，有房产证但是为绿本（即禁止在市场流通转让）。后黄某反悔起诉到法院要求确认《转让房屋合同书》无效，吴某返还房屋及相应占有费用，但一、二审法院均判决房屋转让合同有效。
二审法院判决理由：
根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》的相关规定，宝安区农村集体经济组织全部成员转为城镇居民后，原属于其成员集体所有的土地属于国家所有。因此，本案涉案房屋不属于集体所有土地房屋，且涉案房屋亦取得房屋产权证，故黄某与吴某签订的《转让房屋合同书》没有违反法律、行政法规强制性规定，系双方当事人真实意思表示，该合同合法有效，。
涉案房屋为黄某的自建房，虽然有房产证，但是属于绿本，即限制转让与过户，因此剩下的问题就是论证，在国家限制转让的情况下签订的房屋买卖合同是否有效的问题。笔者认为较为站得住的论证理由为：
首先，虽然《中华人民共和国物权法》第九条不动产物权的转移必须经登记才能发生效力。但《中华人民共和国物权法》第十五条也规定，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。
对应本案情形也即：虽然房子没有过户登记，但不影响房屋买卖合同的效力，就是说房屋买卖合同仍然是有效的。
其次，政府有关机关虽然在“绿本”上注明不得转让，但这也只是政府部门在行使行政管理职能，限制的是不动产物权的处分行为，而对于普通公民根据意思自治原则签订的合同只要没有违反法律的禁止性规定，就不能干涉。而合同只要没有《中华人民共和国合同法》第五十二条规定的无效情形，就都是有效的。
